Но, несмотря на многие плюсы, автономная газификация дома имеет некоторые недостатки. Одним из главных минусов этого вида отопления для хозяев частных домов и коттеджей является необходимость выполнения работ по проектированию системы газоснабжения еще до постройки здания. Это связано в первую очередь с необходимостью по рытью котлована для газгольдера, где глубина должна составлять около двух метров, прорывать траншею до дома и производить ряд других работ. По окончании строительства могут возникать некоторые сложности при монтаже и установке некоторых систем.

До сих пор многие потребители по-прежнему связывают газоснабжение с опасностью для их жизни и здоровья. Это даже, несмотря на то, что многие компании и пользователи, которые работают в данной сфере, неоднократно доказывали о невозможности взрыва или разгерметизации газгольдера без физического вмешательства злоумышленников, тем не менее, все рано принято считать, что отопление с помощью электроэнергии гораздо безопаснее. Также одним из недостатков, из-за которого автономная газификация доступна не всем это необходимость вложения существенных финансов чтобы обеспечить нормальную работу данного вида отопления. Например, для подключения к центральному отоплению не нужно вкладывать никаких средств, а оплачивать счета возможно по мере поступления денег. Для автономной газификации же требуется вложение немалых средств, поскольку необходима покупка всего газового оборудования, проведение проектных работ, установка газгольдера, монтаж и последующее обслуживание всей системы. Кроме того также необходимы финансы и для покупки сжиженного газа. Этот недостаток, конечно же, больше номинальный, так как вложенные средства себя быстро оправдают, но не все потребители имеют возможность сразу собрать необходимую сумму денег для автономного отопления с использованием газа. Важным фактором, из-за чего автономная газификация домов с квартирами практически невозможна, является необходимость наличия мест для всего газового оборудования. Таким образом такой вид отопления чаще всего выбирают владельцы частных коттеджей, небольшие предприятия и даже целые дачные поселки которые имеют необходимую территорию для того чтобы поместить газгольдер и необходимое оборудование.

В настоящее время автономная газификация коттеджа должна обязательно производиться в соответствии с правилами и нормами, и выполняться с помощью надежного и современного оборудования.